El norte de Uganda ha experimentado años de conflicto y violencia entre el Gobierno de Uganda y el Ejercito de Resistencia del Señor (LRA por sus siglas en inglés) los cuales terminaron en 2006 con un cese al fuego.
Hubo negociaciones de paz entre el LRA y el Gobierno de Uganda el 14 de julio, 2006 en Juba en el sur de Sudán. Aunque el resultado final no esta todavía claro, ha habido progreso hacia un acuerdo comprensivo.
El principal tema de las negociaciones es la persecución del líder del LRA y sus seguidores principales. Ellos han sido acusados por la Corte Criminal Internacional y se han escondido. En Uganda, dichas acusaciones son vistas como algo critico y como alternativa a la persecución internacional el uso del sistema tradicional de justicia el cual enfatiza los intereses de las victimas y una reconciliación eventual es favorecida.
El largo conflicto ha resultado en una situación muy insatisfactoria en términos de derechos humanos y libertades fundamentales, lo cual influye en la vida cotidiana de todos los estratos de la sociedad, en particular grupos más vulnerables como mujeres y niños. El Ejército de Liberación de Señor ha causado una violencia brutal en la población local. Miles de niños han sido raptados por el LRA para convertirse en combatientes, cargadores y concubinas. ONG que trabajan en derechos humanos consideran que el número de niños raptados todavía bajo control del LRA es al rededor de 1,300.
La Fuerza de Defensa del Pueblo Ugandés (UPDF por sus siglas en inglés) también ha sido acusada, aunque en menor grado, de abuso a la población civil en la región en conflicto. Esta situación ha creado un gran número de desplazados internos. Originalmente, el número de desplazados en el norte de Uganda sobrepasó 1.8 millones en el año 2005 pero desde las conversaciones sobre paz del 2006 los desplazados empezaron a regresar a sus hogares. La población en los campos de desplazados de las regiones de Acholi y Lango ronda actualmente los 661,000; el número estimado de desplazados en áreas transitorias es cerca de 407,000. Pero dada la frágil situación política y militar, la situación es impredecible y nuevos brotes de violencia puede hacer que los reinstalados vuelvan a los campos.
Dados los actuales eventos en el proceso de paz, la seguridad en las regiones ha mejorado pero muchos desplazados internos temen dejar los campos de refugiados y regresar a sus localidades. Las condiciones de vida en los campos así como en las áreas transitorias siguen siendo difíciles, a pesar de las crecientes intervenciones de agencias humanitarias, con brotes recurrentes de enfermedades y abusos a los derechos humanos, incluyendo violencia sexual y en contra del género, y con poco acceso a agua y sanidad. La situación de los desplazados que ya han vuelto a sus áreas de origen también continúa precaria.
Comunidades del norte de Uganda enfrentan problemas que son específicos a las situaciones del conflicto y posconflicto, tales como la reintegración de un número enorme de desplazados internos y antiguos combatientes, y acuerdos relacionados con disputas territoriales. En términos de disputas sobre territorios, las viudas y los huérfanos comúnmente enfrentan problemas al tratar de reclamar sus derechos de acceso y cultivo de sus tierras heredadas. En relación con la reintegración comunitaria, principalmente los niños raptados y sus madres son excluidos de la comunidad.
Adicionalmente, la longitud del conflicto ha dejado al norte de Uganda con una muy mala capacidad para la protección civil y monitoreo de derechos humanos. Aquellos que trabajan en asuntos de derechos humanos se ven privados de las libertades fundamentales. Los defensores de los derechos humanos han enfrentado un incremento en las amenazas, intimidaciones y acoso en los últimos años. Su trabajo es afectado por los abusos de las agencias gubernamentales y, en algunos casos, los grupos armados y personas no estatales; la publicación de información falsa sobre su trabajo, sus actividades son difamadas, y ha veces son inmiscuidos en largas y costosas querellas legales para distraer o perturbar a sus organizaciones. También hay restricciones al derecho de libre expresión y a los medios. Asimismo, el apoyo y protección a los defensores de los derechos humanos y pacificadores locales, así como el apoyo a organizaciones de la sociedad civil y ONG son componentes importantes para reconstruir una sociedad que respete los derechos humanos fundamentales.